2002年10月25日，瑞金医院在科研工作模式的探索上又迈出了坚实的一步，在国内开创性的成立了“生物医学研究院”。从而形成了“大科研”的新格局，实现科研体制、用人机制和科学研究等的全面创新。该研究院以瑞金医院的研究力量为主，联合中国科学院上海生命科学研究院、原上海第二医科大学健康科学中心、国家人类基因组南方中心等科研单位，是我国第一个以医院为主体的、将生命科学与临床医学紧密结合的研究与开发机构。研究院所奉行的“但求所用，不求所有”的用人原则，真正实现了人才的“柔性流动”，使更多科研人员有了施展才华的舞台和空间。

　　2006年瑞金医院门急诊人次达182万，手术例数达2.02万次，出院病人5.08万人次，同比增长8.56%，平均住院天数为10.69天，同比下降6.31%。

　　瑞金医院在《2007全国医院排名》中综合排名名列第五，骨科排名名列第六，烧伤科排名名列四，内分泌科排名名列第五。

　　2008年瑞金医院门急诊人次达229.78万，手术例数达2.57万次，出院病人6.5万人次，平均住院天数为9.52天。